Bouten is als hoogleraar verbonden aan Eindhoven University, gespecialiseerd in Cell-Matrix Interactions in Cardiovascular Regeneration bij de afdeling Biomedical Engineering. Ze geldt als een pionier op het gebied van weefselkweek en regeneratieve geneeskunde. In 2002 ontiving ze de Aspasia Career Development Award van de Nederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk Onderzoek (NWO), die haar een VICI-beurs heeft toegekend voor haar onderzoek naar hartklepweefseltechniek in 2003.
Van 2005 tot en met 2010 was Bouten lid van de Jonge Academie van de Koninklijke Nederlandse Akademie van Wetenschappen (KNAW). Sinds 2017 leidt ze het nationale gravitatieprogramma Materials-Driven Regeneration. In datzelfde jaar werd ze gekozen tot lid van de KNAW.
Bouten is bij ZonMw officieel voor drie jaar benoemd door minister De Jonge van VWS en de raad van bestuur van de Nederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk Onderzoek.