Joke Boonstra is vicevoorzitter van de raad van bestuur van het Erasmus MC. Zij is tevens voorzitter van het ROAZ-ZWN en voorzitter van de stichting Samenwerkende Rijnmond Ziekenhuizen. Van 2013 tot 2017 was Boonstra bestuurder van het IJsselland Ziekenhuis, waarna ze de overstap maakte naar het Erasmus MC.
Ze heeft een achtergrond als klinisch chemicus en volgde opleidingen aan INSEAD en IMD business school. Tot haar portefeuille behoren onder andere HR, kwaliteit en patiëntenzorg, duurzaamheid en regionale samenwerking.
Boonstra is lid van de raad van toezicht van De Doelen en lid van de raad van commissarissen van PlantLab. In 2022 werd zij verkozen tot Rotterdamse zakenvrouw van het jaar.