Ellen Peper is per 14 februari 2012 toegetreden tot de raad van toezicht van Meander Medisch Centrum.
Peper is eerder toezichthouder geweest bij een ander ziekenhuis. Momenteel is zij voorzitter van de Raad van Toezicht van de Stichting Landschap Erfgoed Utrecht.
Peper is directeur van Twynstra Gudde Adviseurs en Managers en heeft daar de portefeuille commercie en professie. Zij houdt zich onder meer bezig met business development en de profilering van Twynstra Gudde. In haar adviespraktijk richt zij zich vooral op procesmanagement van complexe ruimtelijke beleids- en ontwikkelingsvraagstukken bij samenwerkende overheden en organisaties.